自此之后，倒也相安无事，偶有人上山挑衅者，玄元一派总是将山门后移，数十年后，这玄元门墙已然移到这通玄山千仞之顶。

说也奇怪，自玄元门墙移到通玄山顶后，不只是因了这通玄山山顶确实是灵气通天，还是仙帝眷顾，这玄元门中，竟然有九人，因修炼本门“玄元道法”，修为大进，更令人诧异，这九人在山顶一处山洞闭关十年后，竟似一窥天道，有两人甚至达到太清混沌后期境界。

这九人出关后，前代掌门突然仙逝，原本以为这掌门之争必然会有一番风波。不料，九人都以“生性愚钝，恐不能理凡俗之事”为由，竞相推辞掌门之职，到最后，还是以九人共同推举和他们一起入门修炼的一个叫做‘清虚’的人做了掌门结束这场风波。

这清虚做了掌门之后，竟也显现出他做弟子时所没发挥的能力来。他先将这九人之中的五人分别派往这通玄山的五座名为，“翠青”，“远山”，“碧空”，“观云”，“净水”的山峰，允许他们自己挑选可教化之才，加以培养，以此来充实门墙。另外三人，驻守通玄山主峰，帮主掌门打理门中一切事物。余下一人，成立一个神秘组织，名为“断刺”，专责情报之事。只是这个组织历来隐秘，就是门派掌门也无权过问。

自此，玄元一门，几百年间，横扫中洲腹地几乎大大小小的魔门，隐隐之间，已有中洲正道领袖之势。附近百姓，有感于玄元所做之事乃是“雨露恩泽，匡扶天道”，于是自发在通玄山山腰，修建了一座名为“雨露庙”，自此香火旺盛，来此拜祭者络绎不绝，通玄山更显灵气。

如是数年，中洲平安无事，直到三十年前，仙迹突显，再一次将玄元一派卷入纷争。玄元一门闻听此事，派出其中当年九人之中的三人前去探访。

虽然仙迹中宝物到手，但是途中突遭联手的魔门的袭击，其中一人当场身亡，所身带的一卷天书自此流落天下。其余一人拼死突围，带着宝物之中的一把雷神锤撑到通玄山，但是一身修为所剩不过三成，右臂被法器所伤，竟是残废。另外一人失踪，与其一起失踪的还有一块“三清玉珏”。

之后又遭玄门他派排挤，打压，一时之间，玄元一门竟显颓败之势。之后，虽经本门诸人之力，但其势与当年相比，已是不可同日而语。

这个故事，就是从玄元一门遭受重创后三十年开始的。